肥料分有机肥料、无机肥料和微生物肥料。肥料种类不同，其营养成分、性质、施用对象与条件都不相同。
有机肥料，指以有机质为主的肥料，如人类尿、厩肥、堆肥、绿肥、枯枝、落叶、饼肥等，一般农家肥均为有机肥。有机肥要经过土壤微生物的分解逐渐为植物所利用，为迟效性肥料。
化学肥料，又称无机肥料、矿质肥料。种类很多，按其所含营养元素种类，可分为氮肥、磷肥、钾肥、钙肥、镁肥、微量元素肥料、复合肥料等。化学肥料大多属于速效性肥料。
微生物肥料，指用对植物生长有益的土壤微生物制成的肥料。准确的讲，微生物肥料是菌而不是肥，其本身并不含有植物需要的营养元素，而是通过所含的大量微生物的生命活动来改善植物的营养条件。微生物肥料分细菌肥料和真菌肥料两类。细菌肥料由固氮菌、根瘤菌、磷化细菌和钾细菌等制成；真菌肥料由菌根菌等制成。
施肥量过多或不足，对屋顶花园植物均有不利影响。施肥过多，不仅造成肥料的浪费，还易使植物遭受肥害；而施肥量不足，则达不到施肥的目的。施肥量受树种习性、物候期、树体大小、树龄、土壤及气候条件、肥料种类、施肥方法、管理技术等诸多因素影响。在实际应用中，多是凭借经验确定施肥量。如果因挖方填方变动较大，或因地面铺装而限制植物营养面积时，施肥量应稍大些。对于常绿针叶树，幼树有时易受化肥的伤害，一般施用有机肥比较安全；成年的常绿针叶树，施用化肥比较安全。
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