楼顶花园设计由于受到条件因素的限制，其植物的选择也有一定的特殊要求，比如一般应选择耐旱、抗寒性强的矮灌木和草本植物；选择阳性、耐瘠薄的浅根性植物；选择抗风、不易倒伏、耐积水的植物种类；选择以常绿为主，冬季能露地越冬的植物；尽量选用乡土植物，适当引种绿化新品种。
花灌木是建造楼顶花园的主体，应尽量实现四季花卉的搭配，还要根据季节变化注意树木的选择，多运用观赏价值高、有寓意的树种，如红瑞木、石楠、苏铁、丛书、梅、兰、竹、菊、松等。镶边植物在楼顶花园应用非常广泛，在花坛周围或乔木、灌木之下，栽一些镶边植物很有韵味，同时也充分运用了坛边地角，镶边植物可用麦冬、扁竹叶、小叶女贞、地阳花等。这样就可以避免产生底层、空白、少留裸土。
楼顶花园的墙面绿化通常利用有卷须、钩刺等的攀缘性植物，例如爬山虎、紫藤、常春藤、炮仗花等。
草坪和蕨类是在楼顶花园中采用最广泛的地被植物品种。例如矮化龙柏及仙人掌科，各种草皮如高羊茅草、天鹅绒草、吉祥草、麦冬、葱兰、太阳花、红绿草、凤尾珍珠等。
绿篱植物是种植区边缘、雕塑喷泉的背景或景点分解出常栽种的植物。它的存在使种植区处于有组织的安全环境，同时也可作为独立景点衬托，但切记不可喧宾夺主。
